Die furchtlosen Kämpfer des Gottes Lord Raiden und der Prinzessin Kitana, Hongkong-Fighter Liu Kang, die Leiterin einer Spezialeinheit Sony Blade und der Leinwandheld Johnny Cage haben in der entscheidenden Schlacht, genannt Mortal Kombat, die Kriegsfürsten der Außenwelt besiegt und die Erde vor der Zerstörung gerettet. Doch die vermeintliche Rettung ist nur von kurzer Dauer. Die Tore zur Außenwelt brechen wieder auf. Nicht nur daß Shao-Khan, der gefürchtete Herrscher der Finsternis, damit die Regeln des Mortal Kombat bricht, er erscheint diesmal selbst, um die Erde seinem Reich einzuverleiben. Mit Sindel, einer furchterregenden Verkörperung des Todes, Sheeva, einer vierarmigen Kampfmaschine und Cyrax, einem raketenwerfenden Cyber-Ninja scheint er unbesiegbar. Bleiben die Tore sieben Tage geöffnet, ist die Erde vernichtet. Selbst die Götter sind diesmal machtlos. Shao-Khan tötet Johnny Cage und raubt Kitana, um den verbleibenden Helden der Erde, die von Jax, einem Mitglied der Spezialeinheit Sonya's und dem indianischen Schamanen Nightwolf unterstützt werden, eine tödliche Falle zu stellen. Nacht fällt über die Erde. Shao-Kahn und seine Kampfmaschinen sind anscheinend nicht aufzuhalten. Und es bleiben nur noch sechs Tage Zeit, um die Erde zu retten.