In Dark Skies geht es um die direkte außerirdische Bedrohung und wie seit den frühen 1950ern damit umgegangen wird. Natürlich weiß die Bevölkerung nichts von der Gefahr und ohne das Wissen der Menschheit beginnt ein Kampf, dessen Siegerpartei noch ungewiss ist. Der Geheimbund Majestic 12, der von Captain Frank Bach geleitet wird, steht im Mittelpunkt der Serie und der Zuschauer erfährt – über die 19 Folgen der Staffel –, welche Auswirkungen der Roswell-Zwischenfall auf die Geschichte nahm. So werden in Dark Skies wichtige geschichtliche Ereignisse, wie der Tod John F. Kennedy uminterpretiert und stehen im direkten Zusammenhang mit der Bedrohung aus dem All, dem Hive.